Der knapp zwei km lange Markengraben beginnt am Südrand des Gewerbegebietes Grothues nahe der Umgehungsstraße L793. Er fließt nordwestlich der Brücke des am Hof Große Winkelsett vorbeiführenden privaten Weges über die L793 südlich am Regenrückhaltebecken vorbei in Richtung Osten. Er hält einen Abstand zwischen 80 bis 220 Metern zur Landesstraße, bis er die kleine Verbindungsstraße zwischen der L793 und der K 3 erreicht (heute häufig als Eikelweg bezeichnet, früher wohl unter dem Namen Sandweg bekannt). Die unterquert er und verläuft dann in nordöstlicher Richtung, bis er in den Hagenbach mündet, der seinerseits 430 m hinter dem Abzweig der kleinen Verbindungsstraße die L793 unterquert und in nordöstlicher Richtung Wald fließt.
Die Beschilderung weist als Besonderheit zwei Namen auf. Die groß geschriebene Bezeichnung „Markengraben" taucht in allen offiziellen Karten so auf. Die klein gedruckte „Erter-Holz" ist die Bezeichnung, unter der dieses Gewässer in den Unterlagen des ansässigen Landwirtes geführt wird.